Morro de São Paulo fica ao norte do arquipélago da Baía de Camamu, baixo Sul da Bahia.

Para chegar em Morro de São Paulo partindo de Salvador você tem as seguintes opções: Aviões que partem do aeroporto internacional de Salvador, Catamarãs que partem do Terminal Marítimo Mercado Modelo ou ainda através de Bom Despacho (Itaparica) com rodoviário até Valença. Chegando em Valença lanchas ou barcos fazem a travessia até Morro de São Paulo.